ولم يسلم هذا التيار من إنتقادات دعاة وعلماء السلفية ، فاتهموهم بأنهم تغاضوا عن الدعوة للتوحيد وترسيخ العقيدة في نفوس المسلمين، وأنهم أخطؤوا في دعوتهم للثورة على النظم الحاكمة ، وإعتمدوا في جهادهم على بعض الفتاوى والتطبيقات الخاطئة. كما ظهرت جماعات مسلحة وصفت بالإرهابية، ترتبط بالسلفية على صعيد الإنتساب للسلف، لكنها تتميز بتكفير كل من يخالف عقيدتها وتستبيح قتله كمرتد، لذا يعتبرها البعض أنها تسعى لتبييض صورتها أمام العالم الإسلامي من خلال نسب نفسها للسلف ، في حين يدافع السلفية عن منهجهم بأنه وسطي ليس به تكفير ولا تفجير . يرى الكثير من المحللين أن هذة النزعة التكفيرية الجهادية نتجت لأسباب سياسية أهمها الهيمنة الأمريكية على العالم ودعمها لإسرائيل في الصراع العربي الإسرائيلي بالإضافة لاعتقادهم بأن الحكومات العربية عميلة للغرب المتمثل في أمريكا مما دفعهم لاعتناق ذلك الفكر الجهادي كنوع من المقاومة والنضال ضد الهيمنة الغربية . من أبرز الإشكاليات التي أحاطت بعلاقة تلك الجماعات الجهادية بالحكومات تتمثل في تجارب اشتباك تلك الحركات مع بعض الحكومات اشتباكاً إيجابيا يقترب كثيرا من التحالف أو الاندماج مثلما حدث في السودان من 1992 إلى 1996 ثم في أفغانستان من 1996 إلى 2001 وبينهما تجربة جبهة الإنقاذ في الجزائر, غير أن هذه التجارب لم تتعرض للفحص الدقيق أوالدراسة المستفيضة حول معطياتها ونتائجها حتى الآن . وفي المقابل التزم أتباع التيار السلفي التقليدي بالمنهج النصي للسلفية والالتزام بنموذج السلف الصالح كنموذج متكامل بحد ذاته وهو السبيل الوحيد لتقدم أمة المسلمين في كل زمان ومكان هناك انقسام بين السلفيين في هذي القضيه ما بين معارضين ومؤيديين، المعارضون يرون أن الشورى تختلف عن الديمقراطية و ان الديمقراطية تسمح بتقدم الضاليين فكريا أو العلمانيين للسلطة ويرون أن الديمقراطية تجعل البشر يصوتون على أحكام الله ويرون أن نظام الحكم يجب أن يكون بالشورى الذين هم أهل العلم والأذكياء والباحثين وجمعوهم فقالوا أهل العقد والحل. في الطرف الآخر (وهم الجمع الأكثر من السلفيه المعاصريين) يرون الديمقراطيه نظام قابل للتطور ودمجه ليصبح إسلامي بل وذهب بعضهم إلى أن نظام الخلافة الراشدة لو استمرت لكان المسلمين اكتشفوا الديمقراطية قبل الغرب. ومعظم السلفيين المعاصرين رفعوا الديمقراطيه المؤسلمه كحلا لقيام الأمة وهي ديمقراطية تعتمد على الدستور الإسلامي بكل أشكاله الشرعية والسياسية ويمنع التصويت في أحكام الله ويقود الأمه أهل الشورى بدون تحزب أو تجمهر فكل أهل الشورى يجب أن يكونون تحت خدمة الإسلام والمسلمين. ويرى المؤيديين أيضا ان حقوق الأقليات يجب أن تؤخذ من الدستور الإسلامي الذي يعطيهم حقهم كاملا في بناء معابدهم واحتكامهم إلى انفسهم حسب مايعتقدون الا إذا اختلفوا فيرجعون للإسلام. وذهب المؤيديين للديمقراطيه إلى أن اختيار أهل الشورى يكون انتخابيا وليس عن طريق الحاكم لأن الحاكم (سيختار أهل الشورى حسب أهوائه) ولذلك فقد ذهبوا إلى أن أهل الشورى يختارهم الشعب ليصبحوا قادته وقالوا أيضا أن العلماء قديما وحديثا لم يكن ان يكونوا بهذا المكانه لولا وجود الناس حولهم وحبهم لهم. واستشهدوا بكل العلماء كابن تيميه وابن عبد الوهاب وحسن البنا وغيرهم وان المحبه للعلماء والباحثين والمفكرين هي هبه من الله . يلقي في قلوب الناس حبا لهذا العالم أو المفكر وهناك (أي أناس أهل علم) لا يتقبلهم الناس ويرفضونهم لان هؤلاء العلماء خرجوا بفتاوى غريبه كإرضاع الكبير وجواز فك السحر بالسحر فهؤلاء ربما يستغلهم الحاكم بحجه علمهم ويكونون وباء على الأمه . وأخيرا استشهد المؤيديين للديمقراطية من السلفيين بأنه عندما فتح التصويت للبلدان الإسلامية تم انتخاب الإسلاميين وأمثلتها كثيره منها الإخوان المسلمين وحركة حماس والإسلاميين في السعودية (انتخابات البلدية) فالناس رشحوا أهل العلم إلى المناصب وهذا دليل دامغ على أن الشعب فيه خير ويستطيع في حالة النظام الديمقراطي أن يختار وينتخب أهل الصلاح .